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Desde el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología – Conacyt– creado en 1997, y sus diferentes programas de acción que incentivan la investigación y a los investigadores, emergieron diversas acciones vinculadas a la ciencia y a la tecnología. La investigación, que responde al contexto nacional y a las demandas específicas de los sectores de producción, al menos en algunas áreas de investigación, respondiendo al contexto nacional y a las demandas específicas de los sectores de producción, al menos en algunas áreas del conocimiento, han logrado superar al menos en parte, el marcado rezago. Entre las variadas causas que limitaban las actividades científicas sobresalen la exclusión histórica de la investigación en la universidad, la creencia falsa del elevado costo de la actividad investigativa, la facilidad inmediata de transferencia o copia de tecnología externa y el entendimiento de que la investigación científica solo es patrimonio de los países más ricos y desarrollados.
Durante el periodo dictatorial de Alfredo Stroessner la universidad pública no fue el principal centro de generación de conocimiento y menos aún de innovación.
La fuga de intelectuales, en su gran mayoría contrarios al régimen, en cierta forma vació la universidad y frenó el espíritu científico. A partir de la década de 1970, la mayoría de los cientistas paraguayos que había logrado realizar posgrados y especializaciones en el exterior se dedicaron a investigar y a publicar primero en el extranjero y luego en el país, desde las Organizaciones No Gubernamentales. Estas se convirtieron así en centros de investigación que lograron instalar la cultura científica en el país, especialmente en algunas áreas del conocimiento, principalmente las ciencias sociales. La capacidad de atraer, repatriar y mantener a los investigadores paraguayos del extranjero era muy limitada, puesto que las universidades, básicamente la Universidad Nacional de Asunción y la Universidad Católica, no disponían de recursos financieros, facilidades ni estructuras internas apropiadas. Por ejemplo, el acceso a material bibliográfico ha sido una debilidad estructural de las altas casas de estudio.
Así, no es extraño que hasta hoy una buena cantidad de científicos e investigadores paraguayos no trabaje, al menos de forma sistemática (docencia-investigación) en las universidades. La particularidad paraguaya de realizar investigaciones desde fuera de la universidad es un hecho que debe reconocerse y gestionarse, donde los centros privados han demostrado la capacidad de generar conocimiento e innovación tecnológica de relevancia.
La inversión pública en ciencia y tecnología ha mejorado ostensiblemente, en términos de recursos y sobre todo en cuanto a los resultados obtenidos, específicamente a partir del Conacyt y su Programa Paraguayo para el Desarrollo de la Ciencia y la Tecnología Prociencia, cuyo objetivo es fortalecer las capacidades nacionales para la investigación científica y desarrollo tecnológico, de modo a contribuir con el aumento de la capacidad productiva, la competitividad y mejorar las condiciones de vida en el Paraguay.
Gracias a Prociencia, la universidad pública ha podido relanzar con vigor las actividades de investigación, recuperando su rol de generador de conocimiento y espacio de encuentro, discusión y proyección de investigadores nacionales.