En un comunicado, la Fuerza Aérea japonesa dijo que determinó que la aeronave se había estrellado "a partir de las fotografías de los restos flotantes" tomadas por uno de los buques de la Fuerza Marítima de Autodefensa de Japón.
Según las autoridades, no se han registrado daños a terceros, y la causa del incidente se encuentra aún bajo investigación.
La Fuerza Aérea japonesa perdió la comunicación con la aeronave sobre las 13:00 hora local (04:00 GMT) del martes, en un punto sobre el océano a unos 50 kilómetros al norte de las costas de la prefectura de Tottori.
La aeronave accidentada es un dron 'Global Hawk', producido por la estadounidense Northrop Grumann y diseñado para la recolección de inteligencia.
Las autoridades no han explicado aún cuál era el propósito del vuelo, aunque dijeron que no se trataba de un entrenamiento, según recoge la cadena de televisión pública NHK.
Japón tiene tres 'Global Hawk' en la base aérea de Misawa, en el noreste del país, y esta es la primera vez que se registra un incidente de este tipo.