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Los choques se produjeron en las inmediaciones de la universidad en la capital regional, Comrat, donde grupos de personas protestaban contra la europeísta Sandu, según informan medios locales.
La presidenta, que se presentará a la reelección en octubre, tenía previsto el miércoles reunirse con representantes de la autonomía, que acusan a Moldavia de imponer un bloqueo económico a la región, que mantiene estrechos lazos con el Kremlin.
La líder de Gagauzia, Yevguenia Gutsul, había advertido a Sandu que sería recibida con protestas por la presión que ejerce Chisinau contra las autoridades regionales.
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Además, durante su visita el martes a Moscú no descartó ser detenida en cuanto regrese a Moldavia por su vínculos con el partido prorruso Shor, ya que la Fiscalía presentó a principios de abril cargos en su contra en medio de una investigación por corrupción de partidos.
Recientemente, advirtió que Gagauzia se independizará de Moldavia si esta intenta unirse a Rumanía, en la misma línea que la región separatista de Transnistria, y que pedirá ayuda a Rusia si Chisinau decide enviar tropas a la región.
Gutsul firmó en Moscú un acuerdo con el banco ruso Promsviazbank que permitirá a sus habitantes acceder a los servicios de las tarjetas bancarias rusas MIR, declaró la víspera Gutsul.
"Es un momento muy importante para nosotros. Rusia ha vuelto a salvar a nuestro pueblo y confirmó su estatus de amigo y defensor de los gagauzos", anunció.
Recordó su visita de marzo pasado, cuando pidió al presidente ruso, Vladímir Putin, preferencias para los exportadores de productos gagauzos, bajos precios para el gas ruso y el acceso al sistema de pago ruso MIR.
Moldavia se propone hacer coincidir las elecciones presidenciales de octubre con un referéndum de integración en la Unión Europea, cuando tanto gagauzios como transnistrios quieren continuar en la órbita rusa.
Los gagauzios, de origen túrquico y fe ortodoxa, hablan mayoritariamente ruso, por lo que Sandu aboga por introducir un programa obligatorio de estudio del rumano, como se denomina ahora en la Constitución la lengua oficial.
Moldavia endureció hace un año los castigos contra el separatismo y otras conspiraciones contra el Estado central en el código penal, un claro aviso a la autonomía prorrusa.
La autonomía, que tras la caída de la Unión Soviética existió brevemente como república independiente en el sur del país, firmó en 1994 un acuerdo de integración pacífica con Moldavia.