El seísmo se produjo a las 01:40 hora local (16:40 del viernes GMT) con epicentro al sureste de la península de Nemuro y a una profundidad de 40 kilómetros, dijo la JMA.
El terremoto alcanzó el nivel 5 de la escala japonesa, con un máximo de 7 y centrada en medir la agitación de la superficie y las zonas afectadas, más que la intensidad del temblor.
"No hay necesidad de preocuparse por un tsunami causado por este terremoto", indicó la agencia en su boletín más reciente. Por el momento las autoridades no han informado de daños en la región ni tampoco heridos.
Japón se asienta sobre el llamado Anillo de fuego, una de las zonas sísmicas más activas del mundo, y sufre terremotos con relativa frecuencia, por lo que sus infraestructuras están especialmente diseñadas para aguantar los temblores.