El incidente ocurrió durante las oraciones de las 05:00 hora local (03:00 GMT) en una mezquita del barrio de Westlands, cerca de la autovía de Waiyaki Way.
Según la Policía y testigos presenciales, el sospechoso sacó el arma, que llevaba oculta en su abrigo, y comenzó a apuñalar a los feligreses sin que se conozca, de momento, el motivo del ataque.
"Sacó un machete e hirió a tres fieles. Fue arrestado y está siendo interrogado", afirmó el jefe de la Dirección de Investigaciones Criminales (DCI, en inglés) de Nairobi, Benson Kasyoki.
La Policía indicó que el sospechoso, que al parecer es originario de Somalia pero posee pasaporte canadiense, se encontraba de visita en Kenia en el momento del ataque.
El individuo, cuya identidad no se ha hecho pública, ha sido transferido a la Unidad de la Policía Antiterrorista para ser interrogado, mientras las víctimas fueron hospitalizadas con múltiples heridas.
El ataque se produjo en medio de una mayor vigilancia policial durante el durante el mes sagrado musulmán del Ramadán en la capital del país, ante el temor de posibles ataque.
La Policía confirmó la pasada semana que frustró un ataque terrorista planeado para cometerse durante el Ramadán en Nairobi, en una operación aparentemente ligada el grupo yihadista somalí Al Shabab.