Nissen fue removido de su cargo el 7 de abril de 2002, cuando el Jurado de Enjuiciamiento de Magistrados estaba presidido por el entonces diputado Óscar González Daher, hoy día procesado por corrupción. Nissen investigaba al político y al entonces presidente Luis González Macchi.
La Corte Suprema de Justicia rechazó en junio de 2004 una acción de inconstitucionalidad y dejó firme el fallo.
Nissen recurrió a la CIDH, que recomendó al Estado paraguayo una solución amistosa.
Sin embargo, Nissen comunicó que se retiró de la mesa negociadora con el argumento de que el Estado antes que responder al compromiso asumido con la CIDH, pone obstáculos al acuerdo amistoso, en cuanto a la conformación de una mesa negociadora y sobre todo a lo referente a la liquidación de lo requerido.