La alerta amarilla rige en Francisco Morazán desde las 15.00 hora local (21.00 GMT), indicó en un comunicado la Secretaría de Estado en los Despachos de Gestión de Riesgos y Contingencias Nacionales.
Los departamentos en alerta verde, también por 48 horas, son Valle y Choluteca (sur), y El Paraíso (oriente), añadió el organismo de protección civil.
Según el Centro Nacional de Estudios Atmosféricos, Oceanográficos y Sísmicos (Cenaos), en el país continuarán "las condiciones inestables debido a la convergencia de vientos y humedad del Mar Caribe y del océano Pacifico", señaló.
El país centroamericano registrará "lluvias y chubascos de débiles a moderados, ocasionalmente fuertes, acompañadas de tormentas eléctricas" en la mayor parte del territorio.
El Cenaos indicó la posibilidad de que se reporten aumento de los caudales de quebradas y ríos que nacen en el centro y sur de Honduras, debido a la cantidad de precipitaciones pronosticadas.
Esto podría generar inundaciones repentinas y pluviales en áreas urbanas de Francisco Morazán, Choluteca, Valle y El Paraíso , así como posibles desbordamientos de ríos cerca de sus desembocaduras.
En la región centro del país se reportarán acumulados de lluvia de hasta 80 milímetros diarios; sur (100 milímetros); suroriente (60) y el resto del territorio (30), agregó.
La alerta amarilla en Honduras conlleva evacuaciones preventivas en regiones con riesgo de deslizamientos, derrumbes, inundaciones o desbordamiento de ríos, mientras que la verde significa que se debe dar seguimiento al comportamiento de un fenómeno que pueda resultar en desastre.
El organismo de protección social recomendó a los residentes en zonas de alto riesgo que eviten el cruce de ríos o quebradas y atender el llamado de las autoridades en caso de ordenar evacuaciones preventivas.
También pidió a la población estar pendiente de lugares susceptibles a deslizamientos o derrumbes debido a la humedad del suelo.