"He tomado esta decisión consciente para dedicar mi tiempo en concentrarme en hacer frente a la investigación recientemente anunciada en mi contra por parte de las fuerzas del orden de nuestro país", señaló Mapisa-Nqakula, de 67 años, en un comunicado.
Indicó que, "debido a la gravedad" de las acusaciones vertidas en su contra, no podía mantener su cargo.
Mapisa-Nqakula fue acusada de aceptar sobornos de un contratista cuando era ministra de Defensa (2012-2021), lo que ella negó.
Varios partidos de la oposición habían pedido una moción de censura para destituar a la presidenta de la Asamblea Nacional, pese a que está previsto que el Parlamento se disuelva el próximo mes, antes de las elecciones generales del 29 de marzo.
El principal partido opositor, la Alianza Democrática (AD), dijo haber acogido con satisfacción la dimisión de Mapisa-Nqakula.
"Esta dimisión se produce después de que se formulasen contra ella acusaciones de corrupción y de blanqueo de dinero. (...) El AD ha pedido constantemente su dimisión, enfatizando que cualquier persona que ocupe ese cargo tan alto debería ser irrepochable", se lee en un comunicado del partido.
Mapisa-Nqakula, una veterana militante del gobernante Congreso nacional Africano (CNA), supuestamente solicitó y recibió al menos 2,3 millones de rands (unos 112.000 euros) del propietario de una empresa para conseguir una licitación para transportar equipo militar a Sudáfrica.
El presidente de Sudafrica, Cyril Ramaphosa, llegó al poder en 2018 con la promesa de atajar la corrupción desatada por su antecesor, Jacob Zuma, durante nueve años al frente del Gobierno.
Este nuevo escándalo puede suponer otro golpe para el CNA ante las elecciones del próximo mayo, cuyo apoyo no ha hecho más que bajar durante los últimos años, poniéndolo en riesgo de perder su mayoría parlamentaria por primera vez desde 1994.