Una vez que los nativos urbanos se contagiaron con el covid-19, por varias semanas, el número quedó muy bajo, después subió a 13 personas, para quedar sin novedades y sin que alguien desarrollara la enfermedad. El número aumentó después de varias semanas lentamente, llegando en estos días a 36 casos, entre ellos inclusive dos casos de San Agustín del Pilcomayo, comunidad a 300 km de la urbe.
Algunos líderes se quejaron del hecho de que no todos los miembros de las comunidades cumplen el protocolo sanitario, pese a que mucho asentamientos se mantienen estrictamente encerrados, bien controlados en cuanto a la salida y entrada de personas y vehículos. Al comienzo de la cuarentena, los guardias identificaron a jóvenes que seguían consumiendo bebidas a la noche y fueron castigados dentro de la comunidad. Esta falta de cumplimiento no difería con ciertos sectores de la sociedad envolvente, no indígena, que tampoco cumplían con todos los requisitos sanitarios. Boquerón cuenta con un total de 139 contagios, de los cuales 40 se han recuperado y se registró un fallecido, un colono de Loma Plata.