El 4 de abril de 1770 se inició la construcción del primer templo dedicado a la Inmaculada Concepción, fecha que marcó un hito en la historia de la actual ciudad de Caacupé. Pero, la primera población se asentó hacia el año 1600 con la llegada del indio José, quien se instaló con su familia y la imagen de la Virgen de los Milagros de Caacupé en la zona.
El nativo construyó una pequeña capilla donde pudiera expresar su devoción a la Virgen de los Milagros de Caacupé. La imagen atrajo a otras familias y pronto en torno a ese sitio de oración se formó una comunidad conocida como “Los ytuenses”.
Hacia 1765 la zona ya era conocida como “Valle de Caacupé (Valle ubicado detrás del monte)”. Más tarde, el gobernador Carlos Morphi, caballero irlandés al servicio de la Corona española, estableció que el Valle de Caacupé fuera un centro religioso y lugar de peregrinaciones.
El 7 de octubre de 1848, el gobierno de Carlos Antonio López estableció la división de Caacupé, que entonces formaba una sola circunscripción con Tobatí y Arroyos y Esteros. Además, nombró como primer jefe político y juez de Paz a Juan Bautista Zaracho.
Con la elección y asunción de las primeras autoridades municipales, el 1 de setiembre de 1884 quedó oficialmente inaugurado el municipio caacupeño, según datos recopilados por el historiador, periodista y escritor Pedro Artemio Ruiz.
El documento oficial refrendado por Morphi fue sustraído del Archivo Nacional por tropas brasileñas durante la Guerra contra la Triple Alianza (1864-1870). Ante la incertidumbre sobre el origen de la ciudad, por resolución del 30 de enero de 1987 la Junta Municipal de Caacupé estableció el 4 de abril de 1770 como su fecha de fundación, atendiendo la inscripción de ese dato en la viga de la primera iglesia erigida en honor de la Virgen de los Milagros de Caacupé.
Actualmente la viga sostiene la infraestructura de la iglesia de Tupãsy Ykua donde es honrada la Sagrada Familia. Este sitio de oración es el segundo visitado luego de la Basílica atendiendo que es el lugar donde se encuentra un manantial y según los devotos emana agua curativa de enfermedades y otros males.
Cada año, miles de peregrinos de nuestro país y de otras partes del mundo acuden al santuario para pagar promesas por algún milagro obrado por la Virgen o pedir su intercesión para conseguir algún favor especial.
Visitas de papas
El 18 de mayo de 1988 el hoy San Juan Pablo II, en el día de su cumpleaños, celebró una misa en la Basílica. El 11 de julio de 2015, minutos antes de la celebración litúrgica, el papa Francisco se emocionó al orar por primera vez frente al altar de la Virgen de Caacupé, de la cual se declaró profundo devoto. Conoció la veneración a la advocación mariana en villas de paraguayos en Argentina.
La población de Caacupé es laboriosa. Su economía se sustenta principalmente en el turismo religioso, el comercio, elaboración y venta de chipas y dulces, así como en la floricultura.