El propósito de la misma desde su fundación fue propender a la difusión de los conocimientos de las ciencias físico-naturales por todos los medios posibles, incorporando el mayor número de adherentes a la idea; asimismo, editar una revista que se denominará Revista de la Sociedad Científica del Paraguay. En ese acto se conformó una Comisión Provisoria para encargarse de la redacción de los estatutos y arbitrar la recaudación de los fondos. Los integrantes de la comisión fueron Carlos Fiebrig, Adolfo F. Antúnez, Guillermo Tell Bertoni y el Dr. Andrés Barbero.
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La asamblea en la cual se aprobaron los estatutos se realizó el 13 de marzo de 1921, en donde se eligió la primera Comisión Directiva integrada por el doctor Andrés Barbero como presidente, el doctor Rodolfo Ritter como vicepresidente; secretarios, Guillermo Tell Bertoni e ingeniero Gustavo Crovato. El tesorero electo fue el farmacéutico Pedro M. Rodríguez, y los vocales los doctores Pedro Bruno Guggiari, Gerardo Laguardia, don Arnoldo de Winkelried Bertoni y el agrónomo Leopoldo Benítez. Así también, fueron designados socios honorarios el doctor Moisés Bertoni y Emilio Hassler. Un total de treinta científicos fueron los socios fundadores de la Sociedad Científica según consta en la primera Memoria presentada por el presidente en la Asamblea que se realizó en 1924.
La Sociedad Científica del Paraguay, desde el año 1921 publica una revista, que se constituye en la publicación de carácter científico más antigua del país; en sus diferentes números se incluyen artículos originales resultados de investigaciones, en los que predominan las investigaciones de las ciencias naturales y las fisicomatemáticas. Desde el 2016, la revista se encuentra en línea con lo que facilita el acceso a la misma y fue indexada en la base Scielo-Paraguay.
La Sociedad Científica del Paraguay, a lo largo de su existencia, ha pasado por etapas en las cuales su actividad se vio de alguna forma disminuida, pero a pesar de ello su compromiso con la sociedad paraguaya se mantuvo intacto, publicando además en su revista la biblioteca que está compuesta por 12 volúmenes; igualmente, financió expediciones antropológicas y arqueológicas, como también una investigación sobre el ysau en la década del 70, entre otras investigaciones, antes de que el propio Estado paraguayo lo haga.
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Desde el año 2016 se organiza el Encuentro de Investigadores, que cada año cuenta con un mayor número de postulaciones de trabajos, tanto en la modalidad póster como presentación oral. En 2025, el X Encuentro de Investigadores tuvo la postulación de más de 700 trabajos de investigación, propuestos por investigadores de las distintas universidades y centros del país y la región.
Mediante un programa de cooperación, financiado por la Embajada de los Estados Unidos de América, funciona el Franklin Science Corner desde el año 2013, que realiza actividades de introducción, difusión de las ciencias para niños y jóvenes, logrando atraer a numerosos participantes en las actividades que organiza, además realiza cursos de capacitación de profesores de ciencias naturales de los niveles de Escolar Básica y Nivel Medio.
Desde su fundación, la Sociedad Científica del Paraguay posee el único herbario histórico disponible y en buenas condiciones para ser consultado por los especialistas botánicos del país y del mundo. En el mismo existen algunos Typus de primeras referencias de algunos especímenes. El herbario está compuesto por las colecciones de Moisés Bertoni –adquiridas por el doctor Barbero en 1941–, de Claudio Pavetti –que fue donado por sus familiares– y las del doctor Andrés Barbero. Mediante un proyecto financiado por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología está disponible el herbario en la web herbario.sociedadcientifica.org.py.
Anualmente, la Sociedad otorga el premio Andrés Barbero a la mejor tesis de grado y a la mejor tesis de posgrado; cada año se concede a un área de la ciencia. Este premio está reconocido en la comunidad académica nacional por su rigurosidad, imparcialidad y porque el mismo es una distinción para las nuevas generaciones de científicos.
La Sociedad Científica del Paraguay es apoyada por la Fundación La Piedad, organización sin fines de lucro, establecida por las hermanas Josefa y María Barbero con los bienes de la familia en la década de 1950, con el propósito de sostener económicamente todas las instituciones de carácter científico y filantrópico fundadas por el doctor Andrés Barbero.
Los fundadores
Andrés Barbero
Carlos Fiebrig
Adolfo F. Antúnez
Guillermo Tell Bertoni
Manuel Domínguez
Rodolfo Ritter
Marcial Bordas
Luis Migone
Leopoldo Benítez
Manuel Crosa
Emilio Hassler
Pedro Bruno Guggiari
Gerardo Laguardia
Gustavo Crovato
Pedro M. Rodríguez
Arnoldo de Winkelried Bertoni