El aparato, un C-130 Hercules, realizaba la maniobra de aterrizaje en un aeródromo de la isla de Jolo cuando se pasó la pista y no pudo volver a coger altura alrededor de las 11.30 hora local (3.30 GMT), publica el canal de noticias GMA.
Al menos 40 de los pasajeros han sido rescatados y trasladados a un hospital militar en la ciudad de Busbus, indicó el comandante general de las Fuerzas Aéreas de Filipinas, Cirilito Sobejana, recoge el canal ABC-CBN.
Las autoridades iniciaron una misión de busqueda y rescate para el resto de personas a bordo del avión militar.
"Estamos haciendo todo lo que podemos para rescatar a los pasajeros" restantes, apuntó Sobejana, quien no precisó un número de fallecidos.
El avión partió esta mañana de la ciudad de Cagayan de Oro con varias tropas que iban a ser desplegadas en la región, que cuenta con varias bases de grupos de extremistas islámicos.