La ciudad, en homenaje a los Saltos, nació oficialmente el 30 de julio de 1973 a través del Decreto ley número 390, desafectándose del distrito de Hernandarias y creándose un municipio de tercera categoría. Luego, más adelante se elevó a municipio de primera categoría y se convirtió en la capital del departamento de Canindeyú. El primer intendente fue el coronel (SR) Isabeliano Pimienta Medina (+).
Lo que sería la actual ciudad fue iniciada y proyectada por una empresa privada denominada Colonizadora Saltos del Guairá. Este adquirió en 1959 10.000 hectáreas de tierra del Estado en la zona de los Saltos y asentó allí lo que es hoy el centro de la ciudad. Posteriormente, el Gobierno vuelve a apropiarse de gran parte de las tierras del lugar para entregarlas a familias que se animaban a ir a la zona desde distintos puntos del país. Así se creó la Colonia Nacional Canindeyú.
En lo histórico, se tiene la zona de los Saltos como lugar de grandes enfrentamientos entre indios guaraníes y tupíes, y de la leyenda del cacique Guahyra, proviene el nombre de Saltos del Guairá. La ciudad brasileña del otro lado también lleva la denominación de Guaíra.
Hasta diciembre del año pasado, el nombre de la ciudad era Salto del Guairá, en singular. Pero a pedido de la Junta Municipal actual, se presentó un pedido al Congreso para que modificara el nombre al plural Saltos del Guairá. La ley que rectifica el nombre de “Salto del Guairá” a “Saltos del Guairá” lleva el número 7045, promulgada el 23 de diciembre de 2022.