Desde su creación la institución educativa cultiva en el aula los valores tradicionales de la cultura japonesa, a través del proceso de mejora continua denominado Kaizén.
El Nihon Gakko nació el 8 de marzo de 1993 como Escuela Primaria y Pre-primaria por iniciativa de sus fundadores, el Prof. Dr. Dionisio Ortega y la Dra. Hermelinda Alvarenga de Ortega, quienes tras estudiar educación comparada en Japón crearon una institución para difundir pautas y valores de la cultura japonesa. De allí surge el lema del Colegio y la Escuela: “Educación en valores”. La institución cumplió 33 años de existencia formando a niños y jóvenes desde el Nivel Inicial hasta el Bachillerato complementando el currículo oficial con idioma japonés, Origami (arte del plegado de papel), Danza japonesa, Ceremonia del Té, Karate Do y Béisbol, este último deporte a cargo de un voluntario de la JICA, el señor Kazu Shinohara. Desde su apertura con 65 alumnos, hasta 2025 han egresado 2080 bachilleres. La misión educativa se expande a nivel superior con la Universidad Nihon Gakko, creada por Ley 3688 del 31 de diciembre de 2008.