El defensa Jorge Rodríguez, a los ocho minutos, y el centrocampista Brian Sarmiento, a los 37, anotaron los goles del Taladro.
El partido de vuelta entre el San Lorenzo y el Banfield será el 13 de septiembre en el estadio Nuevo Gasómetro.
El ganador de este cruce jugará en los octavos de final ante el vencedor de la llave que animan el Emelec ecuatoriano y La Guaira venezolano.