El 2016 de Enso Villamayor fue el mejor desde su debut en Primera: jugó 21 partidos y anotó seis goles. En el 2017 disputó un juego por el torneo local (contra General Díaz) y otro en la Copa Sudamericana contra Deportivo Cali. El atacante es el primer refuerzo de Independiente, que busca permanecer en la máxima categoría y con los 29 puntos en el Apertura (culminó sexto) se alejó del descenso. Con relación al entrenador, Celso Ayala continuará al frente del plantel luego de los rumores que lo ubicaban como entrenador de Cerro Porteño.
Por otra parte, el club anunció la salida de 10 futbolistas: Óscar Velázquez, Claudio Estigarribia, Remigio Hernán Pérez, Héctor Caballero, Isaías Ibarra, Hugo Santacruz, Álex Cáceres, Federico Ortiz, Marcelo González y Javier Martínez. Además, Aldo Vera (a Sol de América) y Alfio Oviedo (a Cerro Porteño) fueron transferidos. Los de Campo Grande debutarán en el Clausura (arranca el 21 de julio) como local de Sportivo Luqueño.