Bautista Agüero conquistó con el Decano los campeonato de 1956, 1957 y 1958. En el 58 participó del Mundial de Suecia con la Albirroja y anotó dos goles.
Estas grandes actuaciones le permitieron llegar al Sevilla de España desde donde pasó al conjunto Merengue en la temporada 1965. El atacante fue el primer futbolista guaraní en vestir la camiseta del Real Madrid.
En dicho jugó un solo torneo pero le alcanzó para ser el primer compatriota en alzar la Copa de Europa, antiguo torneo que luego se transformaría en la Champions League. En 1966 pasó al Granada, también de España desde donde, tras tres años, sería traspasado al Deportivo Pereira de Colombia, donde se retiró.
El exseleccionado nacional junto a Roque Santa Cruz, son los únicos paraguayos que se consagraron campeones de Europa.