La Academia participó por primera vez en la Copa Sudamericana en el 2011. Desde ese año tuvo la oportunidad de jugar el segundo partido, de visitante, en seis ocasiones. Sólo en la primera ocasión quedó afuera; en las otras cinco, consiguió el pase a la siguiente ronda.
La primera vez fue en la segunda fase de la edición del 2011. Después de eliminar al San José Oruro jugó contra otro equipo boliviano, el Aurora. El primer partido en Asunción fue empate de 1-1 y en la revancha la Academia no pudo y cayó derrotado 5-2.
Luego de esta eliminación, Nacional clasificó siempre que jugó de visitante. En la fase uno del 2013 enfrentó el The Strongest de La Paz. En Asunción fue empate 0-0 y en la altura fue otro empate, 1-1. El gol que marcó de visitante clasificó al tricolor.
Universidad de Concepción de Chile fue el rival en la primera fase del año 2015. Nacional le ganó los dos partidos a los chilenos: 2-1 de local y 3-1 de visitante. En el 2017 dejó fuera a Olimpia. Es cierto que ambos partidos se jugaron en el Defensores pero el segundo partido, Nacional lo hizo de visitante y lo clasificó el gol de visitante tras dos empates, 1-1 y 2-2.
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Ese mismo año, Nacional dejó fuera a Estudiantes. Los dos partidos fueron favorables al equipo albo. En Asunción fue 1-0 y en La Plata también se registró el mismo marcador a favor de Nacional.
La última vez que la Academia clasificó de visitante fue en la primera fase del torneo de este año. Fue ante Mineros de Venezuela. Tras empatar sin goles en ambos partidos, el tricolor clasificó a través de la tanda de penales.
Esta noche, a las 18:30, enfrentará al Botafogo de Río de Janeiro. Nacional va con la ventaja del triunfo de 2-1 en casa y esperando que las estadísticas sigan a su favor.