En su inicio los albiverdes fueron protagonistas de la entonces disidente, Liga Centenario.
El nombre de la entidad y los colores de la casaca (albiverde) fueron escogidos como homenaje a los Niños Mártires de Acosta Ñu, que dieron sus vidas por la patria en la guerra de la Triple Alianza.
“El blanco”, simboliza la pureza y “el verde”, la esperanza. El club ñuense se estrenó en la división de Honor en la temporada de 1927, al ganar el torneo de Ascenso de 1926. Sin embargo no pudo aguantar los avatares de la máxima categoría y bajó ese mismo año.
Luego de 28 años, en 1954, Rubio Ñu tuvo de nuevo la oportunidad de ascender al ganar otro campeonato de Ascenso, pero le es negado por la entonces Liga Paraguaya de Fútbol que buscaba disminuir el número de participantes en Primera.
Todos los beneficios, en un solo lugar Descubrí donde te conviene comprar hoy
En 1961, fue el club Atlético Tembetary que impidió el ingreso del los albiverdes al circulo privilegiado, al superarlo en partidos por la promoción. Y por fin, en 1963, el club de Santísima Trinidad alcanza de nuevo la máxima categoría, al adjudicarse en forma invicta el torneo de Ascenso y luego de superar a Sportivo Luqueño en los partidos por la promoción.
A su vuelta a Primera, en 1964, Rubio Ñu realizó una espectacular primera rueda, ganándola de punta a punta, pero bajando su producción en la segunda para quedar finalmente en la 5ª posición.
Se destacaron en esa temporada, Jovino Mendoza, Evaristo Heyn, Alberto Jara Saguier y Antonio González, quien fue el goleador de la temporada, con ocho tantos.
En esa década también vistieron la casaca albiverde otros futbolistas que marcaron época en el fútbol paraguayo, como Valentín “Pachanga” Mendoza, el arquero Pastor Ortiz, Salvador Cantero, Guido Portillo Alcides Sosa, Julio “Bocha” Gómez, César Ortiz Aquino (cuando eso era César Chávez), Francisco “Tachuela” Martínez y Andrés Rojas, por citar a los más destacados.
En la década de los años 70 Rubio Ñu ganó el mote de “Sombra Negra” de Olimpia, por el hecho de complicarle siempre en cada partido a los franjeados. En esos años brillaron con luz propia Joel Nicanor Cubillas (el hombre récord del club albiverde, con cerca de 500 partidos locales disputados), Nelson Egger, Julio César Nicolichia y Roberto Salinas, entre otros.
En esa misma época Pedro Farías, Darío Salomón Espínola y el ya desaparecido Alberto Benítez integraron uno de los mediocampos más talentosos que se conoce en el historial del fútbol paraguayo.
Tuvo un breve retorno a la división de Ascenso en 1972, volviendo al año siguiente a Primera, donde permaneció hasta la temporada de 1980. Luego de peregrinar por las diferentes categorías del Ascenso durante largos 28 años, los trinidenses regresaron a la máxima categoría en el 2009, después de ganar el torneo de la división Intermedia del 2008, con el gerenciamiento de Carlos “El colorado” Gamarra.
El entrenador fue Francisco Arce y Rubén Martín Ruiz Díaz, el presidente, todos involucrados en el gerenciamiento de la entidad, aunque hoy “Chiqui” ya no esté en el club. Justamente el “Puchi” Ruiz Díaz fue una de las últimas apariciones fulgurantes que produjo las divisiones inferiores del club ñuense.
El exarquero fue campeón con la selección paraguaya en el Preolímpico disputado en nuestro país en 1992 y participante de la Olimpiada de Barcelona, del mismo año y además integró el plantel mundialista en Francia 98.
Los últimos advenimientos de la cantera albiverde fueron Derlis González, Robert Piris da Motta y Francisco Vera, quienes en la actualidad brillan en el exterior.
Rubio Ñu en la actualidad, y a pesar de encontrarse en la división Intermedia, ha crecido a pasos agigantados en el terreno edilicio, inaugurando durante el gerenciamiento dos hermosas graderías, que hacen que el estadio “La Arboleda” tenga ahora capacidad para 8.000 espectadores.
Cinco años atrás, en 1913, cuando el club de Santísima Trinidad cumplió 100 años, fue estrenado el sistema lumínico y los ñuenses albergan también partidos nocturnos.