Federico Santander volvió a marcar en la fase previa a la Liga de Campeones. El paraguayo anotó el segundo del Copenhague, en la goleada por 3 - 0 ante el Astra Giurgiu de Rumania. Tras un global de 4 - 1, el equipo danés se metió al play-off de la Champions.

El delantero sumó su segundo gol en el certamen continental en la edición 2016-2017. Esta vez, enconcotó un rebote en al área y definió colocado al ángulo superior izquierdo del arco. El primer gol había sido de cabeza ante el Crusaders en Irlanda del Norte, en la fase anterior.