La serie, producida por Gaumont Televisión para Netflix, estaba originalmente pensada para ser la cuarta temporada de Narcos, pero finalmente se desarrolló como una serie complementaria centrada en el tráfico de drogas en México, mientras la primera se ocupaba del narcotráfico en Colombia.

La primera temporada de Narcos: México explora los orígenes de la guerra moderna contra las drogas volviendo a sus raíces, desde los comienzos del narcotráfico mexicano como una confederación desorganizada y perdida de cultivadores y traficantes independientes hasta el nacimiento del cártel de Guadalajara en la década de los ochenta.

Un policía corrupto del estado mexicano de Sinaloa, Félix Gallardo (Diego Luna), es quien entonces toma el mando, unificando a los traficantes y logrando construir un imperio que le llevará a codearse con las altas clases sociales y políticas del país.

Cuando el agente de la DEA Kiki Camarena (Michael Peña) traslada a su esposa y a su pequeño hijo de California a Guadalajara para asumir su nuevo cargo, rápidamente se da cuenta de que su tarea será más desafiante de lo que nunca hubiera imaginado.

A medida que Kiki va recopilando información sobre Félix y se involucra más en su caso se desarrollan una serie de acontecimientos que afectarán al tráfico de drogas y a la guerra contra las mismas en los años venideros.

Ante el comienzo de la segunda temporada, los protagonistas están, en su mayoría, detenidos, y la DEA arranca una campaña más feroz para luchar contra el narco.