Nació en la localidad de Requejo, en el distrito de Belén, el 17 de diciembre de 1928, se graduó en 1966 como licenciado en Ciencias Contables y Administrativas, consiguió el doctorado en esa área en 1975. Fue docente en el Instituto "Salesiano San José" y el Centro Regional de Educación “Juan Emilio O' Leary” de Concepción, también se dedicó a la docencia universitaria por varios años.
Escribió varios libros, poesías y textos históricos, fue declarado “Maestro del Año” en el 2001 por el Club de Leones de Concepción, hijo dilecto de Concepción en el año 2003 por la Junta Municipal y como “Doctor Honoris Causa” por la Universidad Nacional de Concepción en mayo de 2014.
El intelectual falleció en la madrugada de este sábado en el hospital central del Instituto de Previsión Social (IPS) donde estaba internado aquejado de una enfermedad y la causa de su muerte fue por una complicación respiratoria, dijo su hijo, el Ing. Juan Samaniego Ávila.
La municipalidad de Concepción declaró tres días de duelo distrital por el fallecimiento de Dr. Juan Deceno Samaniego Mendoza; también las banderas paraguaya y del municipio, que se encuentran en el palacete municipal, están izadas a media asta.