La Secretaría del Ambiente, en conjunto con la Dirección General de Salud Ambiental (Digesa), realizan monitoreos periódicos de la calidad de las aguas en varios sitios del Lago Ypacaraí, con énfasis en la presencia de cianobacterias y coliformes fecales. Considerando los registros desde el año 2012 y los resultados obtenidos en los últimos meses de 2015, algunas zonas del Lago Ypacaraí se encuentran aptas para uso recreativo. Entre estas, Playa Rotonda y el Muelle San Blas de la ciudad de San Bernardino.

En octubre del año pasado, los resultados de calidad del agua presentaron niveles por debajo de 20.000 cel/ml de cianobacterias y menos de 250 UFC/100 ml, lo que  la Organización Mundial de la Salud (OMS) considera que representa leve riesgo a la salud. La Resolución N° 222/02 de la Seam que regula el padrón de calidad del agua, califica como aptas las aguas que presenten niveles por debajo de 250 coliformes fecales por 100 ml, en ese sentido la Playa Municipal de Areguá no están óptimas para la recreación.

También en la Playa Municipal de Ypacaraí, según los últimos resultados, hay una alta presencia de cianobacterias. En cuanto a las playas de San Bernardino, a pesar de estar aptas para uso recreativo, los municipios deben cumplir requisitos para habilitarlas. En la Resolución N° 159/05 se mencionan las especificaciones técnicas y los requisitos para la habilitación de playas y balnearios; entre ellas la utilización de banderines verdes (aguas aptas) y rojos en caso contrario; contar con salvavidas; paramédicos; servicios higiénicos básicos como baños, duchas y bebederos o canillas de agua potable.

La Dirección de Fiscalización Ambiental Integrada (DFAI) y la Dirección General de Control de la Calidad Ambiental y de los Recursos Naturales (DGCCARN), a través de sus áreas correspondientes, junto con la Dirección de Protección y Conservación de los Recursos Hídricos (DGPCRH), seguirán realizando las fiscalizaciones correspondientes.