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Agüero nació en Caacupé el 24 de junio de 1936. Antes de llegar a Olimpia, en donde se hizo conocido y se consagró tricampeón, actuó en los elencos cordilleranos de 20 de Julio de Cabañas y 8 de Diciembre.
Luego militó en los españoles Sevilla, Real Madrid y Granada, retornando a Sudamérica para defender los colores del Deportivo Pereira de Colombia.
Los restos de don Juan Bautista son velados en su domicilio, situado en la compañía Cabañas de la capital del tercer departamento de Cordillera.