Según consejeros del Incoop, la intervención se ordenó a la luz del nuevo marco rector, Resolución Nº 15156/2016, que establece nuevas exigencias para los dirigentes del Consejo de Administración y Junta de Vigilancia. En el inciso e) menciona que es requisito no estar imputado por delitos cometidos contra el patrimonio de una entidad cooperativa.
Diosnel Aguilera, quien también es decano de la Facultad de Ciencias Contables de Universidad Nacional de Pilar y concejal por el PLRA, fue imputado y ratificada su imputación por el Tribunal de Apelación por lesión de confianza y malos manejos de los fondos en la propia Coodeñe, pero cuando era empleado de la misma.
Se indaga un perjuicio que ronda los G. 1.000 millones causado supuestamente por Aguilera a la cooperativa. El proceso sigue activo, por lo que el Consejo del Incoop dispuso una intervención por 90 días a fin de establecer un plan de acción. Aguilera asumió la presidencia de Coodeñe el pasado 26 de octubre en sustitución de Nelson Mellones, quien renunció tras alegar problemas de salud.