El proyecto tropezó desde sus inicios (1998) con serios cuestionamientos, en primer lugar porque el Anexo B del Tratado de Yacyretá no prevé en la margen izquierda del brazo Aña Cua una nueva central. En segundo lugar la variación de sus costos, que de unos US$ 200 millones de dólares iniciales, ronda hoy los US$ 575 millones. El tercer aspecto que debe ponerse de relieve es su mecanismo de financiación, extraño al Anexo C vigente, razón por la cual lo injertaron con la Nota Reversal N° 2/17 (Loizaga/Faurie), que hasta la fecha no tuvo tratamiento legislativo en Argentina.

Finalmente, la prensa argentina insiste en publicar (la última es de El Cronista) que existe un “favoritismo” del Gobierno argentino hacia al grupo que tiene como integrante principal a la firma IMPSA.