El nuevo titular del área de seguridad, quien asumió oficialmente al cargo el pasado 11 de enero, fue denunciado por utilizar un vehículo de la institución con fines particulares. Según fuentes consultadas, el militar retirado tiene, además, otras denuncias en su contra por supuesto acoso sexual durante su administración al frente de la Escuela de Educación Física de las Fuerzas Armadas. Asimismo, fue cuestionado por una auditoría interna efectuada por la institución castrense. También se le responsabiliza por otras faltas, como faltantes de combustible y animales de la Estancia Pedernal, perteneciente a las Fuerzas Armadas
Apenas asumió el cargo, el flamante jefe de la binacional habría utilizado la camioneta Chevrolet blanca sin logo, con chapa BHD 085, al servicio de Yacyretá, con fines particulares, para trasladar a su familia a la playa de la ciudad de Encarnación cruzando por los puestos de vigilancia que se encuentran en la zona de obras. Este tipo de hechos van contra los reglamentos internos de la institución, que establece la prohibición de utilizar los bienes de la EBY para fines particulares.
Gregorio Rodríguez fue requerido por este diario sobre las denuncias en su contra, pero él negó que haya mal utilizado el móvil de la EBY. Argumentó que se encontraba recorriendo los diferentes puestos de Ayolas, San Cosme y Damián y Encarnación, lugares que se encuentran dentro de su área de jurisdicción, incluso zonas cercanas a las playas.