En 2003 se inició como senador, y este año culminará su tercer periodo como legislador. Ahora está en busca de un cuarto periodo consecutivo.

Filizzola fue imputado por supuesta compra irregular de helicópteros, pero fue sobreseído. Se le cuestionan algunos pactos políticos para llegar, por ejemplo, a ser presidente de la Cámara, en 2005.

Como miembro del Frente Guasu, se involucró en marzo de 2017 en el intento de aprobar la reelección de manera inconstitucional como aliado del cartismo, así como la elección “mau” de la mesa directiva del Senado.