Vega tuvo un paso fugaz por la función pública. Fue nombrado director administrativo del Ministerio de Educación y Cultura (MEC) el 12 de julio de 2012, apenas Federico Franco asumió como presidente de la República.
José Fernando Vega Benítez fue nombrado como presidente de directorio de El Farol SA en la asamblea ordinaria de accionistas del 9 de diciembre de 2017 realizada en Villa Hayes. Su salario mensual corresponde al promedio de ejecutivo del sector privado de nuestro país.
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