A falta de un establecimiento de seguridad distinto a la penitenciaría tal como establece la legislación, la condenada cumple su sentencia en el sector de máxima seguridad del Correccional de Mujeres Casa del Buen Pastor.
Precisamente en el Buen Pastor donde Carmen Villalba lleva años presa, como consecuencia de la fuga del mismo reclusorio en el año 2004 (desde una agujero en el techo) y la toma de rehén de una celadora, en el año 2007 (acción por la cual fue condenada a 7 años de reclusión) Villalba fue detenida por primera vez el 16 de julio del 2003 y estuvo presa hasta el 23 de junio del 2004, cuando se fugó. El cómputo se retomó el 2 de julio del 2004, cuando Villalba fue recapturada en Ñemby, ocasión en que también cayó preso su esposo Alcides Oviedo, autodeclarado líder del EPP.
Carmen Villalba cumple una condena de 18 años de prisión por participar en el secuestro de María Edith de Debernardi, quien cayó en manos de una banda de captores el 16 de noviembre del 2001 y liberada 64 días después, previo pago de US$ 1 millón. Idéntica condena recibieron el esposo de Carmen, Alcides Oviedo, y Aldo Meza.