El 10 de abril de 2008, Papo Morales fue imputado por los fiscales María Teresa Aguirre y Arnaldo Giuzzio en dos causas distintas por adulteración de cheques y efectivización de talonarios correspondientes, por ejemplo, a los ministerios de Educación y de Agricultura.

La fiscala Alba Delvalle también imputó el 14 de mayo de 2008 a Papo Morales porque adulteró un cheque de G. 678.000 de la empresa Conti Paraguay SA y retiró G. 271 millones de dicha cuenta.

Por este hecho, Papo y su cómplice Fredy Román Riquelme Frutos fueron condenados a cinco años, el 10 de diciembre de 2010, pero prácticamente ya no pisaron la cárcel.

Tras ocho años de chicanas, Morales fue recapturado el 4 de enero de 2017 y condenado por segunda vez.

Esto pasó el 10 de mayo de aquel año, cuando le impusieron las penas de dos años de cárcel y la devolución de unos G. 900 millones que estafó al Estado a través de la adulteración y el cobro de cheques del MEC y del MAG.

Sin embargo, recuperó otra vez su libertad a cambio de una donación de G. 12 millones a una entidad de beneficencia.