El FEEI recibe regularmente del Fonacide los recursos por la cesión de energía. Estos recursos son depositados en una cuenta del Banco Central del Paraguay y se administran a través de un contrato fiduciario con la Agencia Financiera de Desarrollo (AFD), es decir los recursos están blindados para que solo se utilicen en los programas asignados.
El Consejo de Administración del FEEI fue constituido en el año 2013 y desde entonces trabaja en el fortalecimiento de esta instancia para garantizar la asignación efectiva y eficiente de los recursos y la transparencia de la gestión.
El FEEI recibe el 30% de los recursos del Fonacide que se distribuyen de la siguiente manera: 30% incorporación de TIC, 20% Investigación y Desarrollo, 15% Infraestructura Escolar, 10% Formación Docente, 10% Atención a la Primera Infancia, 10% Otorgamiento de becas de estudio, 3% Redes de Cooperación y 2% para Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Educación Superior (Aneaes) y Evaluación de la Calidad Educativa.
Una de las principales funciones del Consejo del FEEI es tomar las medidas necesarias para la correcta, eficiente y transparente aplicación de los recursos del Fondo por lo cual no recibe ningún tipo de pago. Por ello los miembros del consejo están integrados por representantes de varias instituciones públicas y por miembros de la sociedad civil, que son elegidos por un sistema de postulación y son nombrados por el presidente de la República vía decreto.
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Los miembros del Consejo del Sector Público tienen voz y voto y los miembros de la sociedad civil solo tienen voz para aprobar u objetar las propuestas. Cabe destacar que el FEEI no se encarga de evaluar las licitaciones sino de velar que se cumplan las propuestas o programas presentados por los ministerios.
Trabajo ad honorem
Los miembros del Consejo de Administración del FEEI no cobran un guaraní por sus servicios. Los cupos del sector público siempre serán ocupados por los ministros que se nombren en Hacienda, Educación, Salud, Conacyt, y en la Secretaría Técnica de Planificación. Por parte de la sociedad civil el Consejo está encabezado por Víctor González Acosta, Christian Schaerer, Manuel Brunotte, Carlos Peralta, Margarita Robinson, Beltrán Macchi, Luis Bareiro y Francisco Santa Cruz.