Una auditoría que abarcó los años 2012, 2013 y 2014 permitió detectar un cobro irregular de G. 1.247 millones, e involucraba a 18 personas. La investigación comenzó a iniciativa del entonces director del Centro Financiero Nº 3 Cap. José Lezcano, ante indicios de existencia de irregularidades.
Las conclusiones de la auditoría permitieron iniciar un proceso en Justicia Militar. Sin embargo, esta instancia solamente prestó atención a lo acontecido bajo la administración del Cap. Lezcano, quien asumió en agosto de 2012. No tuvo en cuenta que la auditoría confirmó que el desvío ya venía ocurriendo a inicios de 2012 cuando el Cap. de Nav. Juan Enrique Núñez, estaba al frente del organismo financiero
Según los documentos, bajo la administración de Núñez, los funcionarios César González, Pedro Ayala, Raúl León, Óscar Céspedes, Luis Arzamendia, Iván Estigarribia, Francisco Alvarenga, Félix Medina, Rufino Pedrozo, Arístides Amarilla, Ramón Rivarola, Jorge Fleitas y José Benegas llegaron a cobrar indebidamente la suma de G. 117.317.569.
Aún así, Núñez no fue incluido en el proceso. Actualmente es agregado militar ante el Gobierno argentino.
Tampoco están procesados el Cap. Rufino Ortellado, quien reconoció que se quedó en forma irregular con G. 17.398.615; y el Sub. Oficial Hugo Ojeda quien se embolsó G. 149.060.380. Ambos admitieron haberse quedado con dinero ajeno y acordaron devolver la suma mencionada. Ortellado en estos momentos se desempeña como director de logística del Comando de la Armada. El denunciante del hecho, el Cap. Lezcano, está preso en Viñas Cue desde setiembre pasado.
El fiscal de la causa Mayor Sebastián Scavone solicitó que sea condenado a 10 años de prisión.