Los indicios de hechos punibles contra el patrimonio de la comuna de Atyrá fueron reportados al Ministerio Público para el inicio de un proceso penal investigativo, en diciembre del 2016. Pero hasta el momento, luego de cuatro meses, no hay avances, ni se conoce quién es el fiscal designado para investigar el caso.

Entre los pagos realizados a consultorías por proyectos no realizados y las supuestas sobrefacturaciones, el perjuicio patrimonial a la comuna atyreña asciende a G. 986 millones, bajo la administración de Muñoz.

Asimismo, durante la administración del intendente interino Figueredo, la CGR detectó una supuesta sobrefacturación en obras realizadas, como pavimentación tipo empedrado y construcción de sanitarios en instituciones educativas con recursos de Fonacide, de aproximadamente G. 58 millones. 

Entre ambos ex administradores, el supuesto perjuicio patrimonial supera los G. 1.044 millones.