La Contraloría General de la República detectó irregularidades a través del examen especial practicado a la Municipalidad de Roque Alonso, ejercicios 2007 y 2008, correspondientes al intendente Zárate. A raíz de eso, la Comuna fue intervenida, siendo interventora la Abog. Norma Valiente.
La intervención ordenó una auditoría cuyo resultado documentado indicaría la comisión de graves hechos punibles tales como lesión de confianza, producción de documentos no auténticos, daño patrimonial, tráfico de influencia, asociación ilícita para delinquir, entre otros.
“El caos, la confusión y la anarquía que reinaban en la gestión fueron la constante en los 2 años de mandato que significó mucha dilapidación de los recursos del Municipio, con pocos logros para la comunidad en infraestructura y servicios y una organización administrativa frágil sin cobertura en producir respuestas hacia los contribuyentes”, decía parte del informe final de la intervención.
Hechos concretos de nepotismo, creación de empresas fantasmas proveedoras de la Municipalidad a nombre de parientes y amigos de Zárate, sobrefacturación de obras públicas, irregularidades en llamados a concursos de precios, etc., fueron documentados por la intervención, a través de la auditoría practicada. La malversación de Zárate durante los dos años que estuvo al frente de la Municipalidad sería de unos G. 8.000 millones.
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Con esos antecedentes, Zárate fue destituido por la Cámara Baja el 23 de abril de 2009. La votación arrojó 43 a favor de su salida y 16 abstenciones. Ni sus correligionarios votaron por su permanencia. Llamativamente la Cámara de Diputados no remitió los antecedentes al Ministerio Público para que sea investigado y luego imputado.
La Fiscalía llegó a procesar a Zárate pero por un informe anterior de la Contraloría, en el cual fue absuelto. De esa situación Zárate presume que en su administración no se encontró ninguna irregularidad. Ahora los concejales de Roque Alonso piden que la Fiscalía tome en cuenta los indicios de hechos punibles sindicados por la citada intervención para procesar nuevamente a Walberto Zárate.