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De acuerdo con el informe de las autoridades militares, ambos desaparecieron el 3 de febrero de 1998 cuando salieron a buscar las vacas de la unidad. Estaban bajo el mando del entonces subteniente Blas Vera, que todavía presta servicios y sigue su carrera en las Fuerzas Armadas. Los restos de los menores nunca fueron encontrados.
Después de meses y años de buscar justicia y ante la falta de respuestas, sus familiares denunciaron el caso ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos. Esta admitió la demanda en 2003 y en noviembre de 2009 el Estado reconoció su responsabilidad en la desaparición de los menores.
Como consecuencia de la demanda los familiares y el Estado firmaron un Acuerdo de Solución Amistosa con varios puntos que se fueron cumpliendo como el pedido de perdón público, la reparación económica, la pensión graciable, la conformación de Comisión de Verdad y Justicia y la exhibición de documentales de Niños Soldados en la Academia Militar. Para preservar la memoria de los menores, dos calles en la ciudad de Caaguazú, donde residían ambos, llevan sus nombres. Además se instaló una placa frente al destacamento militar de donde desaparecieron.
Sin embargo Serpaj critica que hasta ahora el Estado no haya cumplido con el artículo tercero del acuerdo que obliga a: “Disponer de todas las medidas que estén a su alcance para investigar los hechos y sancionar a todos los responsables de las violaciones cometidas en perjuicio de los niños Marcelino Gómez Paredes y Cristian Ariel Núñez”.