Melgarejo Ginard es amigo del cuestionado diputado José María Ibáñez (ANR, Añetete) y también del futuro jefe de Estado. Según los antecedentes, en el 2006, bajo el gobierno de Nicanor Duarte Frutos, el Crédito Agrícola compró de Melgarejo Ginard más de 72.000 bolsas de semillas de algodón, a un costo cercano a los G 10.000 millones.

La adquisición se realizó sin licitación ni concurso de precios y a espaldas de la Dirección de Contrataciones Públicas, que fue informada posteriormente de las supuestas “razones de urgencia” del CAH, para incurrir en el ilegal proceso de adquisición.

Se llegó a demostrar inclusive que siete días antes de la adjudicación, Melgarejo Ginard viajó junto con funcionarios del CAH a la Argentina para efectivizar la compra. Contrataciones Públicas recomendó invalidar y suspender el proceso de esa compra, pero fue ignorado por el entonces presidente de la institución, Amado Cirilo Ayala.

El Plan Algodonero terminó en un gigantesco fraude y corrupción. Las semillas adquiridas en forma fraudulenta no fueron entregadas en su totalidad a los agricultores, muchos de los cuales recibieron semillas viejas, saldos de la campaña algodonera del 2004 y de años anteriores, como se ha comprobado en las investigaciones. Fueron halladas más de 26.000 bolsas de semillas no distribuidas en poder de empresas y dirigentes campesinos.

Las pérdidas de la campaña algodonera causadas por el negociado con las semillas, según estimaciones oficiales, ascendió a más de G. 50.000 millones, sin incluir la sobrefacturación al CAH por más de un millón de dólares que habría perpetrado Traintec SA.

El CAH había recibido G. 40.000 millones para adquirir insumos para la zafra textil 2006/7, cuya área de siembra debería haber sido de 200.000 hectáreas. El volumen de acopio en las desmotadoras solo llegó a 102.000 toneladas de algodón. Esto significaba que si se estima un promedio de rendimiento de 1.100 kilos por hectárea, se cultivó apenas 92.000 y no 200.000, como se había mencionado.