En aquel entonces, fue acusado de solicitar 20.000 dólares al juez Hugo Morán para que el periodista Roberto Pérez no hiciera publicaciones en su contra en un programa radial. Bacchetta había negado el hecho y habló de que solo se buscaba perjudicar su imagen. En agosto del 2007 fue elegido presidente del Jurado de Enjuiciamiento de Magistrados (JEM), en representación del Consejo, y desde entonces, integró ambos órganos, logrando incluso su reelección en varias oportunidades.
A partir de allí, se sucedieron numerosas denuncias de supuesto tráfico de influencias, encabezadas por Bacchetta y sus aliados ocasionales. El mismo no separó la cuestión política de la judicial, ya que asistía a los cumpleaños del senador Juan Carlos Galaverna quien también era su aliado político, y era conocido por tener abiertamente el respaldo de Duarte Frutos. Un ejemplo fue el del exfiscal general adjunto y exdiputado Éber Ovelar, quien denunció en el 2009 que fue perseguido por el JEM tras una resolución que adoptó sobre evasión de impuestos.