Los jueces Ramón Trinidad Zelaya y Marta Romero Roa votaron por la absolución de Simón Núñez y César Godoy por falta de pruebas que les involucren con el cargamento de la droga que había sido hallada en la vivienda de Benigno Rodríguez, quien pertenece al clan que lidera Vilmar Acosta Marques. 

En mayo de 2013, los agentes especiales destacados en la Oficina Regional de Salto del Guairá realizaron dos allanamientos en Villa Ygatimí, departamento de Canindeyú. Primeramente, los antidrogas incursionaron en una precaria vivienda rural donde se encontraban depositados 571 kilos de marihuana prensada, distribuidas en 13 bolsas arpilleras.

También Ramón Trinidad Zelaya conformó el tribunal de sentencia junto con los jueces, Benito Ramón Gónzalez y Victor Darío Godoy Chamorro, quienes condenaron a seis años de pena a Orlando Javier Bogado Morales. Los mismos fueron detenidos cuando trasportaban 1.737 kilogramos de marihuana

Zelaya en su momento estuvo investigado por el Ministerio Público cuando se desempeñaba como fiscal por un supuesto pedido de coima. Según los antecedentes, el entonces fiscal anticorrupción Arnaldo Giuzzio detuvo in fraganti a una funcionaria de la fiscalía de Salto del Guairá, departamento de Canindeyú, cuando recibía una coima de 5.000 dólares para la devolución de un camión robado del Brasil. El dinero sería repartido entre los fiscales Ramón Trinidad Zelaya y Geraldino Cazal, según la denuncia de ese entonces. Sin embargo el mismo no pudo ser imputado por falta de pruebas.

En otro de los casos en donde estuvo trabajando como fiscal fue en el del millonario robo a la sucursal del BBVA, donde posteriomente fue separado por demorar las investigaciones, en donde uno de los implicados, Édgar Galeano Bogado, se desempeñaba como su asistente en la Fiscalía.