Un gol de Augustine Williams a la media hora y un tanto en propia puerta de Dax McCarthy en el 83 dieron una doble ventaja decisiva al Indy Eleven.
De poco sirvió la diana anotada en el minuto 82 por Nick Firmino para el Atlanta United.
El Atlanta disputó su tercer partido sin Thiago Almada, fichado recientemente por el Botafogo brasileño, y sumó tres derrotas de tres.
Perdió 1-2 con el New England Revolution y 2-5 con el Real Salt Lake en la MLS.