Por decisión unánime, el Tercer Tribunal Colegiado en Materia Penal de la Ciudad de México fue el responsable de la resolución que niega el amparo a Lozoya, quien fungió como director de Pemex de 2012 a 2016, durante la administración del expresidente mexicano Enrique Peña Nieto (2012-2018).
Fueron los magistrados Lorena Oliv, Ricardo Ojeda y Guadalupe Neri, quienes dictaminaron que el exfuncionario "no puede beneficiarse del acuerdo reparatorio" firmado por Alonso Ancira, dueño de Altos Hornos de México (Ahmsa) y con quien el exfuncionario impulsó la compra de la planta de fertilizantes Agronitrogenados.
El caso se remonta a 2014, cuando Pemex adquirió la planta de Agronitrogenados a AHMSA mientras Lozoya estaba al frente de la empresa estatal.
La Fiscalía General de la República de México (FGR) sostiene que la operación se concretó con sobreprecio y mediante un esquema de sobornos y lavado de dinero, del cual Lozoya recibió alrededor de 3,5 millones de dólares.
El proyecto de resolución liderado por Becerra precisó que el acuerdo firmado por Ancira se dio por mancomunidad excluyendo la solidaridad por obligación, por lo que Lozoya "no puede favorecerse de dicho convenio y cada deudor debe cubrir una parte de la deuda derivada de la reparación del daño".
En 2023, un juez de control federal suspendió el procedimiento contra el exjefe de Pemex, luego de que su defensa justificó que los 216 millones de dólares pagados por Ancira equivalían a la reparación del daño.
Otro capítulo del caso se destapó con la detención de la hermana del exdirector, Gilda Lozaya, el pasado 2 de julio, tras ser acusada por la Fiscalía General de la República de México (FGR) de operaciones con recursos de procedencia ilícita y su presunta participación en el caso Agronitrogenados. Aunque fue puesta en libertad condicional el 4 de julio por una jueza federal.
La reactivación del proceso de Lozoya ocurre al tiempo que enfrenta procesos penales bajo prisión domiciliaria por la trama de Agronitrogenados y el escándalo de corrupción Odebrecht.