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La academia, quien es junto a Olimpia, los únicos que llegaron a la final de la Copa Libertadores, vuelve al torneo continental después de cuatro años. Aquella vez no pudo llegar a la fase de grupos, en las fases previas cayó ante el Delfín Manta de Ecuador.
En lo que respecta al choque ante los peruanos, será la primera vez que enfrentará al Sport Huancayo y la quinta ocasión ante un equipo de ese país. Los anteriores fueron el Universitario y la Universidad San Martín con quienes no tuvo resultados favorables.
Con el Universitario jugó en la primera fase de la edición 2006. Fueron dos empates, en Asunción 2-2 con los goles de Germán Centurión y José Monsella, ambos en contra. En la revancha en Lima fue 0-0 y la academia quedó fuera del torneo.
En el 2009, en la fase de grupos enfrentó al Universidad San Martín. De visitante perdió 2-1. Heber Arriola anotó el gol, mientras que de local fue empate 1-1 con gol de Fabio Escobar. Son cuatro partidos ante peruano, con tres empates y una derrota.
En el total de la Copa Libertadores, Nacional ha jugado 46 partidos, de los que ganó 10, empató 12 y perdió 24. Marcó 50 goles y le hicieron 77. Raúl Piris es el que más veces jugó con 28 partidos y será el primer encuentro que dirigirá Pedro Sarabia a Nacional en el marco de la Copa Libertadores.