El pelotón llegó unido a la subida final del Malhão, con 2,6 kilómetros de recorrido y una pendiente media del 9,3 %.
Almeida (UAE Team Emirates) llegó a ponerse primero tirando del grupo más adelantado, pero en los últimos metros Pidcock le superó y consiguió coronarse en la meta.
El británico cubrió los 177,9 kilómetros de la etapa con un tiempo de 4:28:39, con un segundo de ventaja sobre Almeida y cinco sobre el belga Ilan Van Wilder (Soudal-Quick Step), que acabó tercero.
Los colombianos Sergio Higuita (BORA-hansgrohe) y Daniel Felipe Martínez (INEOS) entraron cuarto y sexto, respectivamente.
Todos los beneficios, en un solo lugar Descubrí donde te conviene comprar hoy
A falta de la contrarreloj final, Pidcock lidera la Vuelta al Algarve, seguido de Van Wilder, a cinco segundos, y Almeida, a siete.
El esprínter danés Magnus Colt, que tenía el maillot amarillo tras dos victorias en la segunda y tercera etapas de la Algarvia, no fue capaz de aguantar el final de la subida al Malhão y cayó a la octava posición.
La 49ª edición de la Vuelta al Algarve concluirá este domingo con una contrarreloj en Lagos.