El pago de subsidios se inició con el presidente Fernando Lugo, quien firmó el Decreto N° 6630 para impedir que el precio del pasaje suba. A cambio exigía que se cumplan obligaciones, entre los que estaban al día con las obligaciones tributarias, con el canon por la explotación del servicio público y con el pago por el seguro del Instituto de Previsión Social.
En 2013 se detectó que 25 de las firmas beneficiadas adeudaban US$ 84 millones al Banco Nacional del Fomento (BNF), además de irregularidades en el aporte a previsión social. El entonces presidente Federico Franco rubricó los decretos N° 10765 y 11333, que obligaba asegurar en IPS a dos empleados por cada bus y no figurar en la lista negra del BNF, además de contar con un plan de renovación de la flota y someterse al billetaje electrónico en seis meses.
Ante las nuevas reglas, los transportistas optaron por el atajo de crear nuevas empresas registrándose de nuevo en el IPS, que no está prohibido a pesar de que el responsable de esa empresa por ser morosa en la atención de sus compromisos.
Según informes del IPS, 1.161 transportistas empleadores son morosos, quienes le adeudan US$ 4,5 millones. Pese a los reiterados pedidos, la oficina de Aporte Obrero Patronal (AOP), a cargo de Ramón Giménez, no identifica a los morosos.
En 2014, el presidente Horacio Cartes dispuso el aporte adicional de US$ 30.000 para que reemplacen su bus chatarra por uno “0 km”, cuyo costo era de US$ 100.000. Se utilizaron 351 de 500 cupos disponibles. El Gobierno se encargó de la venta del chatarrerío y recaudó US$ 444 millones.
En 2016 imputaron a los responsables de seis firmas ante sospechas de adulteración de sus documentos para cobrar el subsidio. Se trata de las líneas 34, 58, 203 y 110, 232, 454 y 36. Solo la causa de este último fue elevada a juicio oral y público por el juez Gustavo Amarilla.