El fiscal Alcides Chinchay afirmó que Chávarry incurrió en fraude a la ley por haber usado su cargo y sus funciones para obstruir la labor del Equipo Especial Lava Jato en el Ministerio Público.
El ex fiscal general destituyó como coordinador del equipo especial Lava Jato a Rafael Vela y como miembro de su equipo al fiscal José Domingo Pérez el 31 de diciembre de 2018, cuando se preparaban para firmar un acuerdo de colaboración eficaz (delación premiada) con la empresa brasileña Odebrecht.
Con ello, el equipo buscaba agilizar las investigaciones que llevan a su cargo contra la líder opositora Keiko Fujimori, así como los expresidentes Alejandro Toledo, Pedro Pablo Kuczynski, Ollanta Humala y Alan García, quien se suicidó en abril pasado.
Ante esto, Vela y Pérez denunciaron que el principal objetivo de Chávarry era frustrar ese acuerdo, por lo que impugnaron su separación ante la junta de fiscales supremos.
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A raíz de las críticas, Chávarry se vio presionado a renunciar al cargo de fiscal general en enero pasado, pero continúa como fiscal supremo debido a que la Comisión Permanente del Congreso, de mayoría fujimorista, lo libró en mayo último de la destitución e inhabilitación solicitada por su presunta participación en una red de corrupción judicial.
No obstante, el pleno del Congreso sí aprobó en julio pasado que se le investigue por encubrimiento real debido a la frustrada remoción de Vela y Pérez del Equipo Especial que investiga el escándalo de sobornos Lava Jato en Perú.