Los colegios permanecerán abiertos hasta las 12:00 GMT, pero no se publicarán resultados de votación ni datos de participación hasta la medianoche del domingo, cuando estén cerradas todas las urnas del club comunitario.
En el país centroeuropeo, que se adhirió al bloque en 2004, están convocados a las urnas unos 8,3 millones de ciudadanos.
Hace cinco años acudió a votar el 28 % del electorado, y no se espera que ahora la participación sea muy superior.
Las encuestas auguran que la opositora formación populista ANO del ex primer ministro Andrej Babis, que forma parte de la fracción Renew Europa, será la más votada, con el 23,1 %.
Todos los beneficios, en un solo lugar Descubrí donde te conviene comprar hoy
Después vendría la coalición gubernamental de centro SPOLU, cuyos candidatos integran o bien el Partido de los Conservadores y Reformistas Europeos, o el Partido Popular Europeo, y que obtendría el 21,5%.
Ganarían además escaños otros cuatro partidos con intención de voto en torno al 10 %: el liberal Movimiento de Alcaldes y el Partido Pirata, ambos en el gobierno, así como el ultranacionalista SPD y los comunistas KSCM, en la oposición.