La Fiscalía Especializada en Materia Ambiental (FEMA) de Loreto-Maynas acusó a Ruiz por el delito de minería ilegal agravada y por tráfico ilícito de insumos químicos y maquinarias destinadas a la minería ilegal.
En el mismo caso, el Ministerio Público denunció también a Lindo Ruiz B. por los mismos cargos y fue sentenciado a tres años y diez meses de prisión suspendida por haberse acogido al mecanismo de conclusión anticipada, donde el acusado reconoce su culpabilidad a cambio una reducción de pena.
El fiscal adjunto provincial Bratzon Saboya presentó fotografías, videos y demás materiales que recopiló un equipo periodístico informativo y representantes de las comunidades asentadas para acreditar la comisión de los delitos en el río Napo.
El juzgado ordenó que Pedro Ruiz pague una reparación civil de 50.000 soles (14.200 dólares ó 12.200 euros), y a Lindo Ruiz le impuso el pago de una reparación de 5.000 soles (1.420 dólares ó 1.220 euros).
Durante el juicio, el fiscal demostró la culpabilidad de los imputados con pericias de antropología física forense de identificación facial, así como pericias sobre el artefacto fluvial, testimonios, informes de la Autoridad Nacional del Agua (ANA) y descripciones de imágenes y documentación de la Dirección Regional de Energía y Minas.
Las autoridades peruanas han emprendido una lucha frontal contra la minería ilegal en varios puntos del país, especialmente por la extracción ilegal de oro en ríos y lagunas de la Amazonía, así como yacimientos en la sierra norte del país, entre ellos la provincia de Pataz, declarada en estado de emergencia por la participación de mafias de sicariato y extorsión en esta actividad ilícita que ha dejado decenas de fallecidos.