Nacido en la localidad gallega de Ferrol (noroeste de España), fue el primer científico en intuir la importancia los yacimientos -situados en la sierra de Atapuerca, a unos 15 kilómetros al este de la ciudad de Burgos-, y comenzó a organizar excavaciones sistemáticas en 1976.

Aguirre fue el responsable de la decisión de nombrar un trío de codirectores para los yacimientos, momento en el que tomaron el relevo Eudald Carbonell, José María Bermúdez de Castro y Juan Luis Arsuaga, que continúan al frente de los trabajos en la actualidad.

Aunque se retiró de la primera línea, siempre siguió vinculado a la ciencia y a las excavaciones en ese centro arqueológico.

Los yacimientos de Atapuerca comenzaron a tener especial relevancia científica y social a partir del hallazgo de los restos de la Sima de los Huesos en 1992, y dos años después, de los restos humanos (de más de 900.000 años) que definieron una nueva especie conocida como "Homo antecessor".

En el año 2000 la UNESCO los declaró Patrimonio de la Humanidad.

Para promover y contribuir a ese reconocimiento, el 26 de julio de 1999 se constituyó la Fundación Atapuerca, que actualmente avanza en un proyecto para adaptar un inmueble anexo a su sede de manera que pueda albergar, entre otros contenidos, una colección de documentos cedidos por Aguirre.