Las finales del Campeonato Nacional quedaron establecidas luego del sorteo que realizó la Federación Paraguaya de Fútbol de Salón. Las veinte selecciones, entre ellas las cuatro anfitrionas y las dieciséis clasificadas, fueron divididas en cuatro grupos: en el A están Ayolas, Horqueta, Ñemby, Capitán Bado y Carmén del Paraná; en el B, San Ignacio, Villa Hayes, Coronel Oviedo, Itauguá, Limpio; en el C, San Juan Bautista, Caacupé, Villarrica, San Bernardino, Azote’y y en el D, Santa María, Presidente Franco, Minga Guazú, Benjamín Aceval y Santa Rosa del Aguaray.
La etapa decisiva, que arrancará el jueves y coronará al campeón el 7 de marzo, se jugará en el departamento de Misiones. Todos los partidos del Grupo A se jugarán en el Club Social y Deportivo Yacyretá de la ciudad de Ayolas. Por su parte, el Grupo B se desarrollará en el Club Social y Deportivo Municipal Dos Bocas de San Ignacio, la sede principal de la edición cincuenta del certamen. Por su parte, el Grupo C competirá en el Complejo Municipal de San Juan Bautista y el Grupo D, en el Complejo Municipal de Santa María.
Los dos mejores de cada llave avanzarán a los cuartos de final y a partido único, en el tradicional mata-mata, definirán los cuatro boletos al cuadrangular final, fase de tres jornadas todos contra todos. El quinteto que suma la mayor cantidad de puntos será el ganador de la edición 2020 del campeonato. El actual vencedor es Ñemby, que en 2019 conquistó el primer título de su historia y buscará el bicampeonato.