Campeón del torneo República en 1990, el Rojo compitió en dos ediciones de la Copa Libertadores, en 1991 y 2000, interviniendo además en la extinta Copa Conmebol, de la que fue semifinalista en 1995.
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Durante 19 temporadas en forma ininterrumpida, Colegiales estuvo en el círculo privilegiado, entre 1983 y 2001, estableciendo su entrenador, Juan Desiderio Zacarías, el récord de permanencia al frente a un plantel.
La institución nació con el nombre de Atlético El Colegio, por una empresa familiar de los hermanos Zacarías, Juan, Emilio, Marciano, Lorenzo, Atilio y Roberto, quien fue el primer presidente. La entonces Liga Paraguaya de Fútbol solicitó el cambio de denominación porque no admitía nombres comerciales. El actual titular de la institución es Javier Zacarías Yubero.
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